La instancia inicial se desarrolló con cuatro zonas integradas por seis equipos cada una, bajo el sistema de todos contra todos. Finalizada esta fase, y conforme a lo establecido reglamentariamente, los clubes fueron distribuidos en tres niveles: Competencia, Desarrollo y Promoción, cada uno organizado en dos zonas.

Nivel Competencia

Grupo A:
PIAP Azul
San Lorenzo
Independiente
Pacífico

Grupo B:
Estrella del Norte
Villa Ceferino
Unión Vecinal
River Neuquén Rojo

Nivel Desarrollo

Grupo A:
Río Grande
Pumitas Senillosa
Cipolletti Negro
Dromos

Grupo B:
Pumitas
FONAVI
Atlético Neuquén
Fair Play

Nivel Promoción

Grupo A:
River Plottier
Unión de Allen
River Neuquén Rojo

Grupo B:
PIAP Blanco
Islas Malvinas
Cipolletti Blanco
Altos del Sur

Desde la organización se recordó que, en caso de igualdad de puntos en la tabla de posiciones, el orden de clasificación se definirá en primer término por la cantidad de tarjetas amarillas y rojas recibidas. De persistir la paridad, se tomará en consideración el resultado del partido disputado entre sí durante la fase de nivelación.

De esta manera, quedaron oficialmente establecidos los grupos que darán inicio a la nueva etapa del Torneo Apertura 2026, marcando el comienzo de una instancia decisiva para la categoría 2013.